В Российской Федерации ответственность за надежную охрану и обеспечение ядерной безопасности при эксплуатации ядерных боеприпасов на этапах их содержания в хранилищах и транспортировки возложена на Министерство обороны. В своей деятельности по обеспечению ядерной безопасности Минобороны РФ руководствуется постановлением Правительства РФ (сентябрь 1996 г.), вводящим в действие "Концепцию обеспечения безопасности ядерного оружия", "Положение о государственной системе обеспечения безопасности ядерного оружия" и "Положение о функциональной подсистеме реагирования и ликвидации последствий с ядерным оружием в РФ и единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций", а также Федеральной программой "Повышение безопасности ядерного оружия на 1997-2003 гг."

Эти нормативные акты регламентируют деятельность по обеспечению ядерной и радиационной безопасности, принимая во внимание нынешнюю социальноэкономическую обстановку, сложившуюся в стране – социальную напряженность в обществе, рост преступности и экстремизма, рост числа происшествий техногенного характера. В этих условиях первоочередные меры, предпринятые Минобороны, были направлены на ужесточение физического доступа к ядерным боеприпасам в местах их хранения и технического обслуживания. При проведении работ с ядерными боеприпасами действует "правило не менее двух", т.е. работы ведутся тремя специалистами, а доступ к любым работам осуществляется только при наличии санкции должностного лица. Все этапы работ и их результат протоколируются, фиксируется каждая проведенная операция, а ответственное лицо ставит свою подпись. Контроль за состоянием ядерных боеприпасов осуществляется постоянно, их любые перемещения регистрируются в журналах оперативного учета. Для локализации аварийной ситуации с ядерными боеприпасами в случае ее возникновения на объектах постоянного хранения существует штатная специальная аварийная команда.

Наиболее уязвимой процедурой, с точки зрения обеспечения безопасности ядерных боезарядов, является их перемещение (транспортирование). Это обстоятельство приобрело особую остроту, когда в начале 1990-х на маршрутах перемещения в Россию оказались сотни и тысячи ядерных боеприпасов. В этих условиях руководство РФ сочло возможным воспользоваться готовностью США, Великобритании и Франции оказать безвозмездное финансовое и техническое содействие по обеспечению безопасной транспортировки ядерных боеприпасов. В июне 1992 г. между РФ и США было подписано рамочное Соглашение о безопасной и надежной перевозке, хранении и уничтожении оружия с целью предотвращения его распространения. На основе этого соглашения в 1995 г. между Минобороны РФ и Минобороны США были заключены ведомственные соглашения о сотрудничестве в области безопасного транспортирования и хранения ядерных боеприпасов. В рамках реализации данного соглашения Минобороны России получило кевларовые покрытия и суперконтейнеры для защиты ядерных боеприпасов, модули с оборудованием для ликвидации последствий при авариях. На средства США была проведена доработка 100 специальных вагонов для перевозки ядерного оружия и 15 вагонов для сопровождающей охраны. Великобританией и Францией было поставлено соответственно 150 и 30 суперконтейнеров. Оказанная помощь значительно укрепила систему охраны и безопасности ядерных боеприпасов на маршрутах их перемещения.

В результате выполнения договорных и односторонних обязательств по сокращению ядерных вооружений количество объектов хранения ядерных боеприпасов в настоящее время существенно сократилось по сравнению с периодом до 1991 г. Это позволило кардинальным образом укрепить всю систему охраны объектов хранения, а также усовершенствовать систему учета боеприпасов. В соответствии с существующими требованиями, хранилища ядерных боеприпасов располагаются в изолированных, тщательно охраняемых зонах. Конструкция хранилищ способна выдержать прямое попадание авиабомб, все они оснащены автономной системой жизнеобеспечения.

В последние годы были предприняты меры по совершенствованию системы охраны объектов хранения ядерных боеприпасов. На более чем 100 российских хранилищах были проведены работы по укреплению наружного периметра ограждений и установлены современные технические средства охраны. 12-м Главным управлением Минобороны России, ответственным за охрану хранилищ и учет ядерных боеприпасов, была разработана и внедрена компьютерная система учета ядерных боеприпасов, позволяющая в режиме реального времени отслеживать путь каждого ядерного боеприпаса от момента его производства до уничтожения. С целью усиления контроля над персоналом, имеющим доступ к боеприпасам, начинается внедрение полиграфов. Вся эта работа была проведена с финансовой помощью американской стороны на основании российско-американского соглашения по безопасному транспортированию и хранению ядерных боеприпасов.